En 1542 la très puissante famille de banquiers Génois, les Lomellini, prend le commandement du fortin avec l’accord du roi de Sicile, représentant de Charles Quint. C’était une contrepartie aux dettes de guerre qu’avaient contractées les Espagnols et aussi une gratification pour la capture de Dragut, célèbre corsaire, bras droit de Kheirredine Barbarossa, capturé par les Génois au large de la Corse.
Régie par des règlements administratifs nombreux, l’île s’organise autour de l’autorité des Lomellini et de l’Eglise. Peu à peu, pour faire face aux nombreux risques qui menacent la prospérité de l’île, les fortifications continuent à monter : le fort Gênois de Tabarka devient ce qu’il est aujourd’hui, un roc sur lequel toutes les tentatives d’assaut se sont soldées par des échecs .
Les Génois vont alors chercher à céder leur comptoir aux Français sans toutefois en avertir le Bey de Tunis.
Hors de lui, celui-ci envoie sa flotte attaquer l’île. Mais c’est par la ruse que son neveu va mettre à genoux l’île : il invite à bord tous les dignitaires de l’île, puis les jette en galère et met à sac le rocher : nous sommes en 1742 et c’est la fin du comptoir génois.
Ali Pacha gardera la mainmise sur l’activité de pêche et du commerce du corail jusqu’en 1781, date à laquelle les Français y installent la Compagnie royale d’Afrique. Durant le protectorat, les français s’installèrent hors des murs du fort et construisirent une ville de type européen, c’est la Tabarka que nous connaissons, face à la presque île. Pendant la seconde guerre mondiale les troupes françaises libres utilisèrent le fort comme base fermant l’accès maritime entre la Tunisie et l’Algérie.
Le Fort Génois de Tabarka a rouvert ses portes au public à la fête de l’indépendance de 2016, après une fermeture qui a duré 30 ans, et ce, grâce à l’initiative de l’Association de l’Histoire et des Monuments de Tabarka (AHMT).