Jusqu’à l’époque du protectorat français, les deux principales confréries de la Rahmaniya et de la Qadiriyya regroupent les Tunisiens du nord du pays. Ces deux confréries ont leur siège au Kef.
La légende assure que la création de la zaouïa Rahmaniya du Kef a lieu sous les ordres de Mohammed Ben Abderrahman El Guechtouli, fondateur de la confrérie qui florit au xviiie siècle dans le Djurdjura. Il dépêche alors au Kef l'un de ses principaux adeptes, Si Mostefa Trabelsi, dont l’un des disciples, Ahmed Ben Ali Bou Hadjar, originaire des environs d’Aïn Témouchent, crée la zaouïa en 1784-1785.
Ses descendants fondent alors une véritable dynastie religieuse qui gère la confrérie jusqu’à sa dissolution à l’indépendance de la Tunisie.
Parmi eux, Sidi Ali Ben Aïssa se distingue par sa résistance à l’occupation française en 18811. Son descendant et homonyme s’implique activement dans le mouvement national tunisien.
La zaouïa est nationalisée le 19 juillet 1957 comme tous les biens habous privés. Une partie des bâtiments est laissée à la disposition de la famille Bou Hjar tandis que l’autre partie est convertie en musée ethnographique.