Il est placé sous l'égide du Centre Cercina pour les recherches sur les îles méditerranéennes dirigé par l'universitaire tunisien Abdelhamid Fehri qui a accueilli le musée dans un ensemble d'habitat traditionnel rénové : le Dar Fehri.

Le musée propose de mettre en valeur :

les activités traditionnelles de l'archipel liées à une économie artisanale essentiellement tournée vers la pêche
des produits artisanaux utilisant l'alfa et le palmier
des figures historiques ayant connu l'île comme Hannibal Barca, Habib Bourguiba ou encore Farhat Hached
De plus, des ateliers sont organisés pour revivifier des activités ancestrales telle que la broderie. Un espace commercial permet l'achat de livres et CD-ROM relatifs aux Kerkennah.