La collection, qui se compose principalement d'éléments retrouvés lors des fouilles effectuées sur le site ou dans ses environs immédiats, est représentative de l'histoire de la Tunisie depuis l'époque punico-numide jusqu'à la fin de l'Antiquité, avec les traces du christianisme à l'époque byzantine.
e site n'a pas livré de vestiges de l'époque la plus ancienne de l'installation phénicienne en Afrique du Nord. Cependant, les collections puniques ou néo-puniques, de civilisation punique mais datées d'une époque postérieure à la destruction de Carthage lors de la Troisième guerre punique, sont particulièrement intéressantes.

Elles sont constituées essentiellement d'ex-votos puniques et néo-puniques et de stèles funéraires parfois munies d'inscriptions aux caractères libyques, puniques et néo-puniques1. Certaines possèdent en outre des représentations figurées des défunts, mais au traitement relativement naïf si ce n'est schématique.

Ces découvertes permettent d'appréhender la relation entre les Puniques et les populations autochtones, ainsi que la « punicisation » de ceux-ci, y compris dans une période postérieure à l'anéantissement de la grande cité africaine. Les codes culturels puniques continuent de fait à se diffuser, certains perdurant notamment sur le plan religieux voire politique. On trouve également dans ce département du musée des éléments architectoniques.